നേഗ്ലെറിയ ഫൗലേറി, അക്കാന്ത അമീബ, സാപ്പിനിയ, ബാലമുത്തിയ വെർമമീബ എന്നീ അമീബ വിഭാഗത്തിൽപ്പെട്ട രോഗാണുക്കൾ തലച്ചോറിനെ ബാധിക്കുന്നതാണ് അമീബിക് മസ്തിഷ്ക ജ്വരം. മൂക്കിനേയും മസ്തിഷ്‌കത്തേയും വേർതിരിക്കുന്ന നേർത്ത പാളിയിലുള്ള സുഷിരങ്ങൾ വഴിയോ കർണ പടലത്തിലുണ്ടാകുന്ന സുഷിരം വഴിയോ അമീബ തലച്ചോറിലേക്ക് കടക്കുകയും മെനിഞ്ചോ എൻസെഫലൈറ്റിസ് ഉണ്ടാക്കുകയും ചെയ്യുന്നു. കെട്ടിക്കിടക്കുന്ന വെള്ളത്തിലാണ് രോഗകാരികളായ അമീബ ഉണ്ടാവാനുള്ള സാധ്യത. 97 ശതമാനത്തിലധികം മരണനിരക്കുള്ള രോഗമാണിത്.
രോഗം മനുഷ്യരിൽ നിന്നു മനുഷ്യരിലേക്ക് പകരില്ല. വെള്ളത്തിലിറങ്ങുമ്പോൾ അടിത്തട്ടിലെ ചെളിയിലുള്ള അമീബ വെള്ളത്തിൽ കലങ്ങുകയും മൂക്കിലൂടെ ശരീരത്തിൽ പ്രവേശിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു. അണുബാധ ഉണ്ടായാൽ ഒന്ന് മുതൽ ഒൻപത് ദിവസങ്ങൾക്കുള്ളിൽ രോഗലക്ഷണങ്ങൾ പ്രകടമാകും.